肛门疼痛的原因有很多，常见的有以下几种：一、如果弹头、弹片及各种飞行物引起火器伤，经直肠周围组织穿入肠腔，有时还会损伤肛管，导致疼痛的症状，一般伤口比较小，伤道比较深。二、如果患者长期的排大便干结形成粪石，用力排便时导致肛管皮肤裂开。肛裂形成以后，患者排便时会自觉疼痛的症状。随着肛门括约肌痉挛收缩，还会使疼痛进一步加重。三、如果患者吞下异物，有时吞下枣核，出现嵌顿于肛门，还会导致局部疼痛，通过直肠指诊以及病史的询问，可以明确诊断。