结膜炎的治疗原则是针对病因进行治疗，主要包括控制炎症，恢复和维持正常的视功能，治疗以局部用药为主，联合全身使用药物。急性期，要频繁地使用滴眼剂，睡前可以使用眼药膏或眼用凝胶，可以发挥持续作用。分泌物比较多时，可以用生理盐水冲洗结膜囊，冲洗时注意避免将冲洗液流入健眼，以免交叉感染。一般药物治疗细菌性结膜炎，使用广谱抗生素，如左氧氟沙星滴眼剂，妥布霉素滴眼液，确定病原菌后使用敏感的抗生素，病情严重口服阿莫西林胶囊，头孢呋辛酯片等。病毒感染的使用抗病毒的滴眼剂，如阿昔洛韦滴眼液，更昔洛韦滴眼剂，可以口服利巴韦林颗粒，病毒灵，奥司他韦颗粒等进行治疗。