肛门里面疼痛的原因有很多，常见的有以下几种：一、如果患者遭受异物的侵入，比如刀枪插入直肠肛门，会导致肛门或者直肠的损伤，引起肛门内疼痛，导致脓肿的形成，会使疼痛进一步加剧。二、如果患者长期的痔疮病史，饮食辛辣刺激的食物，饮食大量的芥末或者胡椒粉等，会导致痔核充血，痔静脉淤血形成血栓，形成血栓性的痔疮，会表现为肛门剧烈的疼痛。三、如果患者肛腺感染导致脓肿形成，沿着肛管或者直肠向周围蔓延形成脓肿，也会表现为疼痛。