如果是反复发作的扁桃体炎，特别是一年4-5次以上，或者由于扁桃体过度肥大，妨碍吞咽、呼吸及发声功能时，最好能够选择手术治疗，也是唯一的根治方法。因为长时间发作的扁桃体炎，可能会引起全身性的其他疾病，如风湿性关节炎、肾炎、皮肤病、心肌炎等。如果不选择手术治疗，也可以尝试应用免疫疗法、抗变应性措施，包括使用脱敏作用的细菌制剂、增强免疫力的药物，如胎盘球蛋白、转移因子等。也可以尝试局部涂药、隐窝灌洗及激光治疗，但是，可能远期疗效不太理想。平时需要加强体育锻炼，增强身体的体质和抗病能力。