注射用胰蛋白酶可以提高组织的通透性，抑制水肿和炎症反应，并具有分解痰液和脓液等作用。由于具有以上药理作用，所以胰蛋白酶可以用于治疗局部组织创伤出现的血凝块以及感染后出现的脓液、坏死组织和局部的炎性渗出等，并加速局部组织的水肿消退，对局部组织创伤坏死以及溃疡、血肿的恢复都有一定的辅助治疗效果。还可以针对毒蛇咬伤患者，分解破坏毒素解除蛇毒。此外，眼科多用胰蛋白酶治疗各种眼部炎症、出血性眼病、视网膜震荡以及眼外伤等疾病。