毛滴虫感染首选系统使用甲硝唑治疗。甲硝唑治疗期间及治疗后48小时内应避免饮酒，还应避免性行为。由于毛滴虫常感染尿道和尿道周围腺体，所以系统用药优于局部用药。使用甲硝唑治疗失败的常见原因有未遵医嘱用药、再感染或耐药，甲硝唑耐药的患者可使用替硝唑治疗。对滴虫检查阳性的患者不论有无症状均应进行治疗，而且应该同时治疗性伴。