男性滴虫病首选甲硝唑治疗。对滴虫检查阳性的患者，不论有无症状均应进行治疗，而且应该同时治疗性伴侣。由于滴虫常感染尿道和尿道周围腺体，系统用药优于局部用药。甲硝唑治疗期间及治疗后48小时应避免饮酒，治疗期间避免性行为。使用甲硝唑治疗失败的常见原因有未遵医嘱用药、再感染或耐药。对于甲硝唑耐药或不能耐受的患者，可以使用替硝唑治疗。