女性滴虫性阴道炎的治疗主要选择硝基咪唑类药物。治疗此病需要全身用药，并且避免阴道冲洗，主要是由于滴虫性阴道炎的患者可能同时存在尿道、尿道旁腺、前庭大腺等多个部位的滴虫感染。对于全身用药来说，初次治疗可以选择甲硝唑单次口服或者替硝唑，也可以选择甲硝唑连服七日。通常情况下，口服药物的治愈率可以达到百分之九十到百分之九十五。服用甲硝唑的患者服药后十二到二十四小时内要避免哺乳，服用替硝唑的患者服药后三日内要避免哺乳。由于滴虫性阴道炎是通过性行为传播的，所以性伴侣需要同时的进行治疗，并且在治愈前要避免无保护的性行为。