龟头有小水疱最常见于龟头生殖器疱疹病毒感染，病人发生生殖器疱疹病毒感染时，会在龟头和包皮表面形成小水疱改变，小水疱破裂后会形成局部糜烂面，还会导致局部疼痛、渗液的症状。病人出现龟头有小水疱症状时，需及时到泌尿外科或皮肤性病科就医，通过局部检查，常常能找到致病微生物，如由单纯疱疹病毒感染引起的生殖器疱疹病毒感染时，可以局部涂抹阿昔洛韦软膏，阿昔洛韦软膏对单纯疱疹病毒感染引起的生殖器疱疹有明显的治疗效果，病人还可以同时口服阿昔洛韦片，对龟头存在小水疱的症状有明显的治疗效果。