版权合同纠纷可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼的方式处理。双方当事人协商处理版权合同纠纷是最便捷省时的一种方式，如果双方协商不成，无法达成一致意见的，那么权益被侵害的一方可以通过诉讼的方式处理。