咸水泥彩龟在繁殖季节的外观会有所不同，雌龟的头顶部为棕橄榄色，头顶部条纹为棕色，尾短。雄龟的头顶部灰色，头顶部条纹为鲜红色，尾长。非繁殖季节雄龟的头顶部为棕红色，颜色较暗。

雌性的咸水泥彩龟背甲较宽，尾细且短，尾基部细，肛孔距腹甲后缘较近，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较浅。雄性的咸水泥彩龟背甲较窄，尾租且长，尾基部粗，泄殖腔孔距腹甲后缘较远，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较深。