雄性北部锦箱龟的腹甲是微凹的(向内弯曲)，而雌性北部锦箱龟的腹甲是平的。这是因为在交配过程中，凹形的腹甲可以使雄龟固定到雌龟的背甲上不掉下来。

90%的雄性北部锦箱龟有红色或橙色的虹膜，而雌性北部锦箱龟有棕色或黄色的虹膜。雌性北部锦箱龟通常有一个更高更圆的外壳，而雄性北部锦箱龟则有一个较低的外壳，更多的椭圆形。

另外雌性的泄殖腔比雄性的更圆，更像星星，位置更接近它的身体，在它的尾巴底部，雄性的泄殖腔更长，更像裂缝。