大蛇丸最终在第四次忍界大战被洗白，战争结束后，虽然还是地下进行着自己的试验，但是必须有木叶的监护人陪同才可以。

大蛇丸在前期为了得到长生不死术，抓了很多活人做实验，并将木叶的资料窃取出来，随后自己被封印在了鼬的十拳剑中，但是因为自己的一部分细胞在兜的体内，所以此刻的大蛇丸是在红豆咒印上。

他听到了兜模仿自己的生活方式，觉得自己懂的还是太少，要想明白世间的真理，必须让故事进行下去才可以，所以大蛇丸此后也是进行活体实验，利用自己的细胞培养出了巳月。