马达加斯加大头侧颈龟生活在马达加斯加河流域，喜欢生活在浅水区，游泳的速度很快，可以追逐一些小鱼虾。目前还没有人工饲养的记录，全部都来自野生环境的捕捉。

它们数量的减少，是由于宠物贸易、栖息地的丧失以及当地土著食用这些大龟和它们的卵所造成的。它们在宠物市场上不是很容易搞到的；同时，本种作为濒危物种，也名列USESA，在州际交易中需要许可证，而馈赠和借调则是可以被免除的。