雄性云南闭壳龟的背部拱起较高，顶部尖，腹甲后缘略尖，尾长，泄殖腔孔距尾基部较远；雌性云南闭壳龟的背部拱起较小，但顶部钝，腹甲后缘略呈半圆形，尾粗短，泄殖腔孔距尾基部较近。

还可以将云南闭壳龟的腹部朝天，用手将龟的四肢、头顶触缩人壳内，将龟的尾部摆直，若是雄性龟，则可看到交接器从泄殖腔孔内翻出，呈黑色伞状。而雌性的泄殖腔孔内仅排出泡泡或稀粘液。