红头蛇颈龟雌雄辨别有很多方式，譬如雌性龟泄殖孔距腹甲后缘较近，且泄殖孔位于腹甲以内，孔形圆形。雄龟则泄殖孔距腹甲后缘较远，泄殖孔位于腹甲以外，孔形长形。

其次雌性龟腹甲平坦中央无凹陷，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较浅，缺刻角度较大。雄性龟则腹甲中央略微向内陷，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较深，缺刻角度较小。