大部分黑色便是由消化道出血引起的，可分为上消化道和下消化道出血。上消化道出血包括食管、胃、十二指肠、胆管、胰管的出血等常见疾病。下消化道出血包括小肠和大肠的出血，其中小肠出血少见，常见引起下消化道出血的疾病包括肠结核、肠伤寒、肠炎等。

长期服用非甾体抗炎药、抗血小板及抗凝药物也是常见的引起黑色便的原因。