生殖器疱疹复发后的治疗主要如下：抗病毒治疗。抗病毒治疗仍然是主要的治疗措施，一般建议在出现了前驱期症状的情况下，就要开始抗病毒治疗，需要坚持足量、足程用药，直到临床症状完全消失后，可以多用3-5天后再停止用药。对于短时间内反复复发的生殖器疱疹患者，建议长期使用小剂量嘌呤核苷酸类似物进行抑制治疗，预防复发。免疫系统功能严重损伤的患者，抗病毒治疗的同时使用免疫调节剂，增强免疫系统功能。如果引起了发热、疼痛等临床症状，可以进行对症治疗。