尖锐湿疣的治疗原则是尽可能的去除可见的疣体，并减少复发。无论用哪种办法来治疗，复发总是难免的，仅仅是复发率的高低而已，但再次治疗一般都有效。目前尚无定论，应该选择何种方法或者是哪种办法是治疗尖锐湿疣的最佳方法。治疗方法的选择应根据患者个体情况，取决于患者的疣体分布的部位、大小、数目、形态、治疗费用、患者的选择、方便性、副作用及医生的经验。大多数的患者需要制定一个疗程，而不是一次的治疗。应拟定一份适合该患者的治疗计划，并按计划严格实施。目前治疗方法有以下几种：第一，局部治疗。可以给予患者外用5%咪喹莫特、25%足叶草酯酊、5%氟尿嘧啶软膏。第二，局部物理治疗。可以用激光、冷冻、电刀或电针治疗。对于疣体巨大者可以用手术切除的办法。第三，氨基酮戊酸光动力疗法，光动力疗法可以选择性的杀伤增生旺盛的细胞不仅对肉眼可见的疣体有破坏作用，还可清除亚临床损害和潜伏感染。且治愈率较高，不良反应轻微。第四，免疫疗法。单独使用无效，但是可和其他治疗方法配合使用。可给予患者干扰素、白介素2，聚肌胞等治疗。