早上起床以后，腰两侧的肌肉酸痛是因为晚上睡觉的时候腰部长时间保持同一个姿势引起的腰部肌肉软组织劳损。如果酸痛比较轻的话，建议避免长时间睡觉长时间保持同一个姿势，睡觉的时候可以勤翻身、勤转动，可以做一些腰部的按摩，推拿，热敷。如果酸痛比较严重的话，可以做一些局部的康复理疗的相关治疗，比如说针灸、艾灸、热疗。还可以局部应用一些活血化瘀的膏药进行治疗，比如说云南白药膏、消肿止痛膏，还可以口服一些非甾体类的镇痛消炎药，比如说双氯芬酸钠，洛索洛芬钠还可以佩戴腰部的护具进行保护。如果说酸痛长时间存在、没减轻，甚至有逐渐加重的趋势，那么最好去医院做进一步的检查，明确原因。