形成巧克力囊肿的原因尚未完全阐明，主要有以下三种学说：第一、种植学说，是由于子宫内膜的腺上皮和间质细胞随着经血逆流，通过输卵管在卵巢表面种植而形成的巧克力囊肿。第二、体腔上皮化生血说，认为卵巢表面的上皮和腹盆腔内的腹膜均由胚胎具有高度化身潜能的体腔上皮分化而来，在受到卵巢激素或经血及慢性炎症的反复刺激后，能够激活转化为子宫内膜样组织。第三、诱导学说，是指未分化的腹膜组织在内源性生物化学因素的诱导下，发展为子宫内膜组织。巧克力囊肿的形成还与遗传因素，免疫及炎症因素等也有一定的关系。