慢性肾盂肾炎的诊断，除了反复发作，尿路感染病史之外，还需要结合影像学、肾功能、临床表现、尿常规、尿细菌培养等进一步的确诊。临床表现可以有典型的尿路刺激症状、感染中毒症状、腰部不适、夜尿增多、低比重尿等尿路刺激症状，反复间歇性发作。尿常规检查尿中白细胞计数增多，白细胞定性为阳性，可以伴有亚硝酸盐阳性。尿液细菌学培养和细菌学检查均为阳性。影像学检查肾脏外形凸凹不平且双肾大小不等，肾盂造影可见肾盂、肾盏变形缩窄，持续性的肾小管功能损害，出现持续性肾小管功能损害，再加上肾脏外形和肾盂、肾盏的异常变形，即可以诊断为慢性肾盂肾炎。