肠结核的治疗主要包括稳定期以及急性期的治疗。稳定期主要目的消除症状改善全身的情况，促使病灶愈合，防治并发症的发生。早期应该以抗结核药物治疗是本病治疗的关键，应该坚持早期、联用、适量、规律，全程使用敏感抗结核药物。注意休息，提高营养，加强患者的抵抗力。如果出现肠梗阻或者急性肠穿孔，应该行手术治疗。