肾结石软镜手术是用软质的输尿管镜通过尿道、膀胱、输尿管逆行进入肾盂将肾结石击碎取出或直接取出。输尿管软镜术前通常需要先留置支架管扩张输尿管，便于软镜顺利通过。首选需要术者熟悉输尿管软镜，待输尿管硬镜向输尿管置入支架扩张输尿管后，置入输尿管软镜。沿着导丝进入肾盂，观察到肾盂肾盏的结石。向输尿管软镜中置入钬激光进行碎石。输尿管软镜处理输尿管上段小结石，肾中上盏小于2厘米的结石效果明确，但对于大结石及肾下盏结石效果欠佳。对于输尿管硬镜或经皮肾镜取石术相比，输尿管软镜的手术费用往往较高，粉碎了的石头需要患者自行排出而无法通过吸取出来，操作技术也相对复杂。且输尿管软镜由于需要之前先放置输尿管支架，所以患者住院时间会相对延长。