肛门疱疹在明确诊断后，可以进行外用药物治疗。在排便后清洗肛门，可以使用温盐水坐浴，同时在日常生活应保持肛周干燥，换用棉质内裤，也可以使用曲安奈德、益康唑软膏，或者地奈德乳膏，这些药物可以缓解局部的症状。但是如果患者又出现了局部感染情况，应在专科医师指导下，进行合理使用抗生素进行对症治疗。例如可以使用罗红霉素胶囊，或者头孢羟氨苄片。在治疗期间不建议患者饮酒，每次排便之后要及时进行清洗。同时也应排除有无过敏的因素，必要时可以口服氯雷他定片改善症状。