龟头流脓、刺痛一般是感染引起，其治疗需要使用抗生素控制感染。但是龟头流脓刺痛可由多种病菌导致，所以在治疗前需要取脓液做培养以及做药敏试验，能够更好明确感染龟头的病菌，也能够更好选择合适的抗生素治疗。如果表现为尿道口流脓，并且有不洁性生活史，有可能是淋病或者支原体、衣原体感染引起的尿道炎。淋病患者使用头孢曲松，或者青霉素类消炎药治疗。支原体、衣原体感染导致的尿道炎，使用阿奇霉素或者克拉霉素治疗。