肾结石总是隐隐作痛的原因有以下几个方面：第一，肾结石在活动时划伤肾组织，导致局部肾组织出现出血，感染，积水等，引起隐隐作痛。第二，患者做了过重的体力劳动，引起腰肌劳损，会导致腰部隐隐作痛。第三，如果肾结石合并有腰椎间盘突出或者腰椎骨质增生等疾病，会诱发腰部隐隐作痛。第四，若肾结石合并有皮肤疾病，比如腰部带状疱疹，疱疹与皮肤产生摩擦以后，会出现隐隐作痛。建议患者及时到正规医院就诊，并做肾部彩超、CT等检查，明确诊断病情后积极治疗。