引起巧克力囊肿的原因有很多，具体如下。1、可能跟内分泌因素有一定的关系，如果体内激素分泌紊乱，经常有过大的心理压力，都有可能导致内分泌失调，进而引起巧克力囊肿。2、可能跟日常生活习惯有关，如果多次分娩流产或经常过度频繁的进行性生活，也可能会诱发巧克力囊肿。3、还有可能跟遗传因素或环境因素有关。出现巧克力囊肿之后需要根据病因对症调理治疗，如果不及时治疗，可能会诱发严重的并发症，比如痛经、不孕不育等。