尿中的上皮细胞来自肾脏到尿道的整个泌尿系统，包括肾小管上皮细胞、移行上皮细胞和复层扁平上皮细胞。肾小管上皮细胞来自远曲和近曲小管，如在尿中出现常提示肾小管病变。观察尿中肾小管上皮细胞，对肾移植术后有无排斥反应也有一定的意义。移行上皮细胞可分为表层异性上皮细胞，主要来自膀胱。中层移行上皮细胞主要来自肾盂。低层移行上皮细胞来自输尿管、膀胱和尿道。正常尿中无或者偶见移行上皮细胞，在输尿管、膀胱、尿道有炎症时可出现，大量出现应警惕移行上皮细胞癌。复层扁平上皮细胞又称为鳞状上皮细胞，来自尿道前段。女性尿道有的时候患有来自阴道的复层扁平上皮细胞，尿中大量出现或片状脱落，且伴有白细胞、脓细胞时见于尿道炎。