在临床上，对于肛瘘的治疗主要是采取手术治疗。对于低位单纯性肛瘘，主要是采取肛瘘切除术，而对于高位复杂性肛瘘，主要是采取挂线疗法，而且在手术的过程中，主要是清除干净内口以及瘘管，这样才能根治肛瘘。术后选择肛门洗剂、红油膏砂条以及百多邦喷雾剂等药物进行换药处理。