小腹疼、腰疼可能是以下原因所造成的：1.肾结石、输尿管结石，因为结石移动从而造成嵌顿，引起输尿管堵塞导致严重肾积水，引起腰部疼痛。还会牵涉小腹疼，而且疼痛比较剧烈，患者很难忍受。2.女性患者可能是由于妇科炎症，如盆腔炎、卵巢囊肿等，炎症刺激会造成小腹疼痛、腰疼，可能伴有分泌物增多的现象。3.急性肾盂肾炎也会牵涉小腹疼、腰疼，还会伴有高烧、排尿异常的表现。出现上述的症状，要尽早地做泌尿系统彩超、血常规、尿常规等相关的检查，查找其原因，再给予对症治疗。