如果确诊得了肛瘘，仍然建议患者积极的手术治疗，因为非手术治疗肛瘘是不可能治愈的，非手术治疗只能够减轻肛瘘发作时的症状，减少肛瘘发作的频率，但是仍然无法彻底治愈肛瘘，也就是说在内科保守治疗情况下，肛瘘仍然会反复发作，现在唯一可以彻底治愈肛瘘的就是手术，虽然也有复发可能。手术的原则就是把感染的肛窦，肛门腺以及瘘管完全切除干净，这是肛瘘治疗的关键。迄今为止，从内口到外口全部切开或者切除瘘管，而是肛瘘手术所遵循的不变的原则。