胃肠功能紊乱需要根据引起其不同的原因加以相对的治疗：一、急性胃肠炎，主要是由于食入不洁的食物，导致细菌在胃肠道内的繁殖，引起胃肠道的炎性反应和胃肠道的蠕动、亢进，从而产生相关的症状，其治疗主要是口服或者静脉输注左氧氟沙星、诺氟沙星、灭叮啉等予以抗菌的治疗。二、肠道的炎性疾病，主要包括克隆氏病和溃疡性结肠炎，主要是通过免疫抑制剂加以治疗。三、肠道的植物神经功能紊乱，其治疗主要是通过进食清淡、低糖、低脂的流质或半流质饮食，口服益生菌类的药物，如乳酸杆菌、双歧杆菌、三联胶囊等予以相关的治疗。