由于慢性疲劳综合症的发病机理还不是很清楚，所以西医一直缺乏有效的治疗，目前治疗方法主要是对症治疗，抗病毒治疗，增强免疫能力，抗抑郁治疗和心理治疗等等。临床的药物治疗一般选择这几种，直接增强免疫力，肌注血清免疫球蛋白，对慢性疲劳者有一定的疗效，但有的患者肌注球蛋白会有发热的感觉，有的医生也选用抗抑郁药，对抑郁状态以及失眠障碍的慢性疲劳患者有一定的效果，但是这种药，一般会引起反应迟钝等一些副作用。干扰素能治疗慢性疲劳综合症，也有人尝试过，有一定疗效，一些镁制剂能通过调节情绪，减轻焦虑，起到一定的治疗作用，总体来讲，西医没有特别好的治疗方法。