巧克力囊肿其实是子宫内膜异位症的一种，目前在临床上，具体是怎么引起的巧克力囊肿，还没有确切的答案，可能是因为经血倒流，或者是女性曾经有过宫腔操作史所导致的。如果患者囊肿很小，可以口服药物进行治疗，如果囊肿超过了五厘米，则建议要及时进行手术治疗。