肛周脓肿的手术方式主要为脓肿切开引流术，在手术之前要进行必要的麻醉，对于浅表的肛门周围的脓肿可以在局部麻醉下进行手术，而对于位置较深的肛周脓肿，如坐骨肛管间隙的脓肿或者骨盆直肠间隙的脓肿，则需要在腰麻、骶管麻醉或者全麻下才能进行手术，待麻醉起效以后，要寻找脓肿的位置。浅表的脓肿可以在触摸波动感最明显的部位，作与肛门放射状的切口，引出脓液，放置引流装置。如果是深部的脓肿，需要使用注射器穿刺脓肿定位，定位准确后切开脓腔，用手指探查脓腔，保证脓液充分的引流，可以放置引流管和引流纱条等装置，肛周脓肿的患者大多数会合并有肛瘘。因此在完成脓肿切开引流后，要继续仔细检查是否有肛瘘，如果合并肛瘘要同时行肛瘘的手术治疗。