婴儿肠炎是由各种原因引起的肠道感染。肠道内感染以轮状病毒引起的秋冬季腹泻最常见。细菌已致病性大肠埃希菌、产毒性大肠埃希菌、出血性大肠埃希菌以及侵袭性大肠埃希菌为主。其次为空肠弯曲菌、鼠伤寒、沙门菌等。肠道外感染时病原体的毒性作用可是消化功能紊乱，病原体也同时感染肠道。故患上呼吸道感染，肺炎和急性传染病时也可以伴有肠炎的发生。婴幼儿期生长发育快，所需的营养物质多，消化负担重，消化系统发育不完善，胃酸和消化酶分泌少，胃酸低，消化酶活性体，血清免疫球蛋白和肠道分泌型SIGA均低，新生儿正常肠道菌群尚未建立，应用抗生素致肠道菌群失调，使正常的菌群对病原体的拮抗作用丧失，易患肠道感染。