男生尿道疼，原因如下：一、泌尿系统结石，比如膀胱结石或输尿管结石，结石会划破膀胱粘膜或输尿管粘膜在排尿时，尿液会刺激伤口，就会引起疼痛，通常为持续性刺痛；二、急性膀胱炎或急性尿道炎会导致尿道或膀胱粘膜。出现急性充血、水肿、糜烂，在排尿时就会出现尿道痛，同时还伴有小腹部疼痛、腰痛、尿频、尿急等症状；三、前列腺炎会导致小便时尿道疼痛，同时还伴有会阴区胀痛，尿道口滴白等症状。