小便时出现小腹疼痛的病因很多。第1种是前列腺炎，平时多伴有尿频，尿急，尿不尽等症状，是男科常见病和多发病。第2种尿路感染，如膀胱炎，输尿管炎等。第3种泌尿系结石，如膀胱结石，尿道结石等。第4种女性患者需要排除是否有妇科炎症，如盆腔炎，输卵管炎等。所以建议到医院行尿常规、血常规、白带常规、泌尿系以及生殖系统的超声检查，明确以后才能考虑相关治疗的问题。而平时一定要养成良好的卫生习惯，多喝水。