甲状腺囊腺瘤的病因尚不十分明确，考虑可能和以下因素有关：一、遗传因素，有甲状腺肿瘤家族史的人群发病风险明显高于没有甲状腺肿瘤家族史的人群。二、放射线照射。如果甲状腺接受过X线照射，有可能导致甲状腺细胞破坏，不能产生甲状腺激素，会导致垂体产生促甲状腺激素，促甲状腺激素能刺激甲状腺细胞增殖，形成甲状腺腺瘤。三、促甲状腺激素水平过高。机体其他疾病导致促甲状腺激素水平过高，有可能导致甲状腺腺瘤的发生。