肾疼的原因如下：一、肾盂肾炎可出现此症，肾盂肾炎会导致肾盂积水，则会引起肾盂周围组织缺血、坏死等病理改变。二、肾结石、肾结晶，由于肾结石、肾结晶引起肾组织局部血管损伤，而导致此症。三、肾肿瘤，由于肾肿瘤占位会引起肾组织被压迫至缺血。四、肾囊肿，尤其是多囊肾，会引起肾组织缺血、坏死，如果并发囊内炎症或肾盂积水，则肾疼症状更明显。五、输尿管积水、输尿管狭窄、前列腺肥大等梗阻因素引起的肾积水，也会有肾疼的表现。