由于有活性的子宫内膜细胞，它在卵巢局部种植，种植以后它也会来月经也会出血，由于它出血以后周围有纤维素包裹，它出的这些血在经过一些吸收的过程形成了一种棕色的陈旧血。外观非常像巧克力，就叫做巧克力囊肿。它的周围的囊皮实际上是包裹的纤维素，因此它非常粘连，它的形成过程主要是一个出血再包裹再出血，一个慢性的过程，周围也伴有一些炎症。它的形成成因是因人而异目前还不是很清楚，但是有一种假说，就是说我们一般都是叫做经血逆流，就是在来月经期间，这些有活性的内膜可能会顺着输卵管到达盆腔，然后形成种植引起来的。