怀孕三个月肚子隐隐作痛，首先需要判断一下是不是生理性的腹痛。如果是生理性的腹痛，一般经过休息就会缓解，不需要特别的治疗。怀孕三个月肚子有点隐隐作痛，还见于下列情况：一、如果有阴道流血、腰酸、腹部下坠，不能排除先兆流产的可能性。二、如果腹痛局限在右下腹，可能是阑尾炎的表现。以上两种情况都需要及时去医院就诊。另外孕期要适当的休息，避免过度劳累，饮食要注意卫生，避免吃变质或者不洁食物引起胃肠炎症，导致腹痛。