药物流产后出现肚子疼的原因有：一、药流以后药物的作用促使子宫收缩，使妊娠物排出，所以流产后会出现肚子疼，并伴有少量的阴道出血，持续时间不超过十天，是药流后的正常生理反应；二、药流不全引起的肚子疼，因为有少部分人会发生不全流产，宫腔内残留物会对子宫产生明显的刺激作用，引起子宫收缩产生下腹明显的疼痛，这种疼痛呈持续性时间长，并伴有阴道出血，出血量有时会超过月经量；三、药流后感染导致的腹痛，药流以后由于出血时间长，如果不注意卫生，容易发生逆行性感染导致子宫内膜炎，盆腔炎引起腹痛可伴有阴道分泌物增多有臭味。所以对于药流后长时间的腹痛，并伴有持续性的阴道出血或者出血量增多，或者有分泌物增多有异味时，要及时的到医院就诊，做妇科内诊检查查血HCG和阴道B超，以明确肚子疼的原因并给予对症处理。