预防新生儿单纯疱疹病毒感染较为困难，但以下措施可减少发生：第一，孕妇临产前均应进行生殖器疱疹的检测。第二，新生儿出生后，应避免和有活动性的单纯疱疹病毒感染的医护人员，亲属以及新生儿接触，有单纯疱疹病毒感染的新生儿应与其他新生儿隔离。应用免疫球蛋白被动预防新的感染单纯疱疹病毒效果并不肯定，可以使用阿昔洛韦的预防应用，对于通过单纯疱疹病毒感染的产道娩出的或者是由于母亲生殖道疣疱疹样损害。而剖宫产娩出的新生儿，应该严密观察，建议新生儿单纯疱疹病毒感染的高死亡率和严重的后遗症，某些临床情况需要再单疱疹病毒感染群之前，就开始静脉阿昔洛韦治疗，抑制病毒的急性复制和预防中枢神经性感染的发生。