如果肛瘘手术后一年伤口疼痛，应当积极的前往肛肠科就诊。通过直肠指诊，触摸是否存在炎性包块，是否出现继发感染导致脓肿的形成，还可以通过辅助检查，可以行肛周彩超明确是否存在肛周脓肿，还可以通过核磁共振检查，明确是否出现肛瘘复发，出现瘘管或者脓腔。如果肛瘘手术后伤口疼痛，有可能出现局部感染，导致脓肿或者肛瘘的复发，应当积极的行手术治疗，可以行肛周脓肿切开引流术，如果复发，还应当积极的寻找内口，一次性根治手术，术后应当积极的给予中药熏洗，切口换药，还应当注意饮食调理，防止再次出现复发。