大拇指指甲凹陷，首先要给予诊断。如果凹陷属于真菌感染，进行显微镜镜检，要是检出真菌，就要及时使用抗真菌的药物口服，通常可以口服伊曲康唑，或者特比萘芬。当然如果检测真菌是阴性，有可能是甲营养不良症，对于甲营养不良症发病原因，有可能是末梢的血液循环或甲母质的问题而导致的。通常可以使用多磺酸粘多糖乳膏，或者肝素钠乳膏外涂，一般外涂部位是指甲的根部，也就是大拇指指甲的根部，而不是凹陷的部位。