胃肠功能失调，治疗以缓解症状，防止复发，改善生活质量为主，总体上，需要根据病因、疾病类型，采用综合治疗。功能性消化不良：改善生活习惯，根除幽门螺旋杆菌，抑酸药、促动力药、精神心理治疗。肠易激综合征：调节饮食，对药物的选择应因人而异，对症处理，根据腹泻、便秘、腹痛、腹胀等症状选择不同药物。功能性便秘：泻药、促胃肠动力药、微生态制剂、清洁灌肠生物反馈等治疗。常用的药物主要包括抗酸药物、抑酸药物、促胃肠动力药物、导泄药、止泻药、抗抑郁药、根除幽门螺旋感杆菌药物。各种常用的治疗手段不佳，可增加精神社会学的支持，中医中药治疗功能性疾病有其独特疗效，可以选择中药、针灸等治疗。