肠结核的治疗主要是在抗结核的治疗同时，增强免疫力，避免并发症的发生。肠结核抗结核药物的选择与肺结核药物选择一致，主要遵循早期、联用、适量、规律和全程使用敏感抗结核药物。同时，要注意抗结核药物对肝肾功能损害等其他副作用，同时应该增强免疫力，加强患者的抵抗力，注意休息，加强营养。如果出现腹痛难以忍受，可以使用抗胆碱能药物治疗，同时要积极的预防完全性肠梗阻的发生以及电解质的紊乱。