卵巢囊肿的病因各不相同，可以分为生理性囊肿和病理性囊肿。1、生理性囊肿，如黄体囊肿是女性的卵泡发育成熟卵子排出后，卵泡腔逐渐的萎缩增殖而形成的囊肿，多可自行消退。2、病理性囊肿可分为良性和恶性，例如子宫内膜异位囊肿是由于子宫内膜种植于卵巢或者是卵巢表面的细胞分化形成，需要通过手术以及药物治疗的方式进行处理。例如卵巢的恶性肿瘤，上皮细胞癌是由卵巢的生发上皮恶变所引起，所以不同的卵巢囊肿，其发病原因各有不同，对于恶性的卵巢囊肿，主要通过手术治疗的方式将其清除，其后还要配合化疗、放疗等方式进行治疗。